君山农场建场之初，垸内水草丛生，钉螺密布，血吸虫病流行猖獗。建场36年来，全场人民艰苦创业，与瘟神殊死搏斗，对垸内130321亩有螺面积采取土埋、火烧、垦殖、药杀等方法灭螺改造。1990年以来，农场投资近20万元，对东、西、北三个进水涵闸进行拦网阻螺工程技术改造，解决了垸外钉螺经进水涵闸向垸内扩散的难题，该工程得到了全国血防专家的肯定，达国家先进水平。现尚存有螺面积398亩，1996年与1958年相比，居民血吸虫病感染率由64.74%降至2.39%，耕牛血吸虫病感染率由39.87%降至2.35%，钉螺平均密度由1.27只／0.11平方米，降至0.0062只／0.11平方米，血吸虫病得到有效控制。1991年，中共中央政治局委员、国务委员李铁映，卫生部长陈敏章，国务院副秘书长徐志坚视察君山农场的血防工作，给予高度肯定，并兴致勃勃地观看了君山小学学生血防知识抢答表演赛。1992～1995年，该场血防工作连续4年被评为湖南省先进单位。