2006年，东洞庭湖自然保护区紧紧围绕“努力把东洞庭湖湿地打造成真正的鸟类天堂，国际桥梁、旅游精品、和谐典范”目标，以封闭管理、清理债务、争取项目、加强保护、打造品牌、加快发展为工作重点，扎实开展工作，取得显著成效：清理历史债务，盘活羊角山资产，偿还部分欠款；封闭管理取得阶段性胜利；加强与省直相关部门和市区相关单位及国际相关组织的密切联系与合作；被国家林业局列入全国示范保护区；被省林业厅授予全省自然保护区先进单位。
    一、封闭管理成效佳。保护区抓住封闭管理这一契机，采取有力措施，由市政府发布通告，实施封闭管理。一是成立洞庭湖湿地资源保护封闭管理领导小组，明确任务和职责。二是确保资金到位。从省、市政府和省各相关部门争取到封闭管理区渔民和职工生计替代资金230万元，并分别拨付给岳阳县、君山区政府。三是设置封闭管理禁示牌，明确封闭范围、内容和相关规定。四是开展封闭管理清理整顿。有力打击破坏湿地资源的违法行为。保护区4次组织力量下湖巡查，强行撤掉鱼棚10个、强行拖走鱼船8条、清理丝网5000多米，杜绝放水干鱼的现象。小西湖及壕沟、采桑湖实施封闭管理后，生态环境发生明显变化，鸟类种群增加12种，数量由9万多只增至12万余只。
    二、资金争取来势好。一是争取省直有关部门资金。年内，保护区领导2次上北京、12次去长沙，找了8个厅局，年底到位资金300多万元。二是国际赞助。在总结上年成功争取联合国全球环境基金(GEF)技术援助二期项目(项目资金三年累计100万美元)的成果上，继续加大对该项目资金的攻坚力度，年底到位资金近百万元。三是项目资金。通过多渠道的努力，国家林业局将东洞庭湖自然保护区二期基本建设增列入国家投资计划，批准基本建设总规模1277万元，其中国家投资766万元。12月1日国家发改委正式下文，决定从当年中央预算内拨出专项资金用于东洞庭湖湿地保护工程项目建设。
    三、加大管护影响大。洞庭湖湿地资源的保护是保护区一切工作的出发点和落脚点。保护资源的前提是加大管护。保护区以相应的法律法规作为切入口，由保护科和派出所组织专业人员对东洞庭湖国家级自然保护区管理局行政执法依据进行认真梳理，明确保护区的行政执法职权13项、19条，在建章建制的同时，着重抓好巡护执法工作。一是进一步加强基础设施建设。通过内引外援等手段，克服困难，给派出所配备执法专用车辆，加强警务室的基础建设，设立公布举报电话，设立举报奖励等办法措施，对全体干警进行专业培训，增强快速出警能力。二是严厉打击查处非法猎捕案件。保护区以派出所、保护科为龙头组织开展“关于打击非法猎捕野生动物和破坏湿地的专项行动”、“破案攻坚战”、“绿盾行动”和“三项排查”活动。全年共处理各类案件50起，其中办理刑事案件3起，治安案件1 起，行政案件46起，上网追逃3人，治安处罚1人，行政处罚60人次，取保候审4人。清理大小西湖的迷魂阵100余档。收缴天网500平方米，拆除核心区内违法搭建的渔棚10个。救护国家二级保护动物2只、三级保护动物86只，收缴并放生青蛙1840公斤、蛇886公斤。三是积极配合开展市场清查行动。针对市场上蛇、蛙经营泛滥的情况，派出所积极摸排线索，争取市公安局森林分局和市林业局生保科重视和支持，采取堵源头、查重点的方法，市场清查多次，查扣多批蛇、蛙，并在媒体进行广泛宣传，教育民众，打击犯罪，取得较好的社会效果。
    四、创新办赛反响好。成功举办2006年中国洞庭湖国际观鸟节。先后从45个不同地区和境内专业队伍中选定38支正式参赛队伍，参赛人员152 人。接待来自美国、英国、奥地利、澳大利亚、西班牙、日本、丹麦、韩国等国驻华机构代表、留学生、专家及国内观鸟组织、NGO代表共160余人。同时，成功举办“湿地保护与可持续发展——岳阳论坛”活动。中央电视台著名节目主持人赵忠祥成为洞庭湖湿地保护大使，副省长杨泰波、省人大常委会副主任庞道沐亲临开幕式，中央电视台在新闻联播中予以报道。